Reorganized Noise storage in TTree to be more suited for various studies to come

New doxygen documentation config file added

Commit before reorganizing TTree for Noise

run analyzer: Code cleanup

run analyzer: Before Mi19 integration, after new PC

Run analyzer: added summary table writeout, compare one specific histogram with other runs, MUCH better Veto peak fit function

Run analyzer: commented out a line, where the noise threshold cut was set to a fixed value

Run analyzer: Added possibility to define noise threshold cut manually and overwrite therefore the automatic threshold finding, fine tuning of automatic threshold finding mechanism - finds cut if noise and signal peak are more close to each other in Sr90 spectra

Run analyzer: push for Dennis, small changes

Run analyzer: added improved summary plot, expanded Seed Percentage histogram scala, added ChargeSpectrum.c due to important changes in it, changed overall style of plots

Run analyzer: added improved summary table

Run analyzer: added summary table to cout output

Run analyzer: added S/N database integration and calculation, code cleanup, better markup

Run analyzer: bugfix in spectrum integration, noise border was not found correctly

Run analyzer: ignore ChargeSpectrum.c

Run analyzer: ignore ChargeSpectrum.c

Run analyzer: label corrections

Run analyzer: Added routine writeObservableToFile() and the vector compareHistogramVector to write out only specific histograms (of different runs) into one file

Run analyzer: humanreadableruncode is given to the HistogramClass, so it can set the titles of the histograms correctly

Run analyzer: Bugfixes and examples

Run analyzer: Added the new class HistogramType.c, now all histograms and cuts are stored and managed in this class. Every cut is an instance of the class HistogramType.

Run analyzer: Last commit, before adding the class Histogram.c and seriously reorganizing Run.c

Run analyzer: Added option to integrate histograms from a certain threshold

Run analyzer: Commented out debug lines

Run analyzer: Added the new type of cut: fixed threshold in MAPS.c and Run.c, yet fixed to 150 ADU

Run analyzer: Added the function Run::plotCompareHistograms(), see documentation for usage

Run analyzer: cleaned up tabs in MAPC.c

Run analyzer: If ROOT file not existent, force analysis of run

Run analyzer: Added option to switch common mode filter on and off, default value is on, use the function Run::useCommonModeFilter(Bool_t) in ChargeSpectrum.c to change value

Cleaned reorderFSBB

FSBB: Set fRows and fColumns in MAPS.C to the fixed values 8 and 208 to read the data from file

Merge branch 'master' of jspc29.x-matter.uni-frankfurt.de:radhard

Run analyzer: added a suffix to runcode and humanreadable string, is set automatically when submatrix is selected/cropped out in selectSubMatrixFSBB() or setSubMatrixBorders()

Merge branch 'master' of jspc29.x-matter.uni-frankfurt.de:radhard

Conflicts:
MABS_run_analyzer/ChargeSpektrum.c

ChargeSpektrum

Run analyzer: added possibility to analyze submatrices of matrices or a specific area of the sensor, see new function Run::setSubMatrixBoders()

Run analyzer: forgot to change debugging variable to off

Run analyzer: merge, added histogramtypename in writeoutObservables()

Run analyzer: Small bugfixes, defollowed ChargeSpectrum.c: individual changes should not be overwritten here

Bugfix ownpath

Bugfix

Run analyzer: resolved conflicts while merging without_FSBB with master 2

Run analyzer: resolved conflicts while merging without_FSBB with master

Run analyzer: small bugfixes before merge to trunk

Outpath modified to custom

integrateSr90 in

Run analyzer: Round up of average cluster calculation routine

Run analyzer: Added average cluster calculation routine

FSBB erste funktionierende Version

Run analyzer: Reverted changes for FSBB (locally)

Run analyzer/Bot: Updated Bot for Pegasus, added better documentation implementation to Run analyzer

FSBB added (not bugfree so far)

Exceloutput modified
Script for longer consecutive runlists
Pegasus parameters changed

Run analyzer: If NULL found in database for storepath, assume garlic and chip generation name as subfolder to search for run data

Run analyzer: If a run was analyzed with default config, it will be forced to be analyzed again next time

Run analyzer: If a run was analyzed with default config, it will be forced to be analyzed again next time

Merge branch 'master' of jspc29.x-matter.uni-frankfurt.de:radhard

Conflicts:
MABS_run_analyzer/ChargeSpektrum.c

Chargespektrum Summed output added

Merge branch 'master' of jspc29:radhard

Run analyzer: Added possibility to analyze runs not finished yet

Added Cd-109 as alternative to Fe-55 for vetopeak

bugifx pedestal>0 removed

Merge branch 'master' of jspc29.x-matter.uni-frankfurt.de:radhard

Conflicts:
MABS_run_analyzer/ChargeSpektrum.c

Dennis Version ChargeSpektrum

Run analyzer: merged with trunk

Run analyzer: outsource functions from ChargeSpectrum.c to a newly created file ChargeSpektrumFunctions.c

Run analyzer: Noise routine adjusted for pixel with zero CDS, warn user if pixel with zero noise are detected

storepathOutLinux added to save files hardcoded in /d/garlic/Mi34/rootFiles
to avoid the permission problem of folders under linux

Merge branch 'master' of jspc29.x-matter.uni-frankfurt.de:radhard

Conflicts:
MABS_run_analyzer/Run.c

Run.h Pegasus vetothreshold changed so it should fit better

Noise in ADU now inserted to database

Anylyzer: Added real frame number counter to database and code, added noise threshold finder and Sr90 spectrum integration

Anylyzer: Added column to represent the number of frames really found in folder to database, account for USB system crashes

Anylyzer: commented out suspecious noise/pedestal warning, better look at the statistics at the end of the analysis

Anylyzer: Pegasus adjustments: fixed human readable string generation

Anylyzer: added null pointer exception handling

Anylyzer: fixed double run analysis

Anylyzer: changed frames to analyze to 100% again, last push sued only 50% of avaible frames

Anylyzer: merge, changed space between debugging values to 5

Anylyzer: Added pegasus support, ignoring cluster around pixel with highly negative CDS value in dynamical noise calculation, added switching between SMA and MMA dynamical noise calculation, code cleanup and messing up

Bessere Darstellung in debugStream von MAPS.C

Run analyzer: Conflicts solved 1

Run analyzer: Removed limitation to maximum 50 data files in MAPS.c

Fix filebeschränkung auf 50 Files (high statistikruns haben 500 Files)

Run analyzer: ThresholdHistogram calibrated added

Run analyzer: writeObservableToFile() added

Run analyzer: merge, writeObservableToFile not working yet

Run analyzer: Important bugfix - fixed memory leakage, cleaned up code, added error catching routines, overall stability fixes

writeObservableToFile added

threshold=2 as new standard

Anylyzer: Fixed noise label for threshold spectra, added possibility to select summary type: threshold, calibrated and normal

Anylyzer: Fixed graph colors

Merge branch 'master' of jspc29:radhard

Anylyzer: Fixed summary and canvas drawing with ROOT 6

git ignore

Run analyzer: Added cluster threshold hit finding method

Anylyzer: Addapted to ROOT 6

Fixed PlotAllHistograms()

Analysis: only std=c++11 warnings left

Analysis: few bugfixes, less warnings, new veto peak search algorithm, ROOT file is saved/wrote to disk prior to analysis